阿里云联合清华AIR、水木分子开源BioMedGPT-Mol:AI加速药物研发新引擎

阿里云联合清华AIR、水木分子开源BioMedGPT-Mol化学大模型。用户通过自然语言对话即可完成多项化学分子理解和生成任务,助力药物研发提速。

原文标题:阿里云:AI为药研加速!基于千问清华AIR联合水木分子打造化学大模型正式开源

原文作者:数据派THU

冷月清谈:

清华大学智能产业研究院(AIR)联合水木分子,基于阿里云千问大模型,推出了生物领域化学分子通用任务大模型BioMedGPT-Mol并开源。该模型在分子描述、性质预测等多个任务上表现出色,用户可通过自然语言对话完成多项化学分子理解和生成任务,降低AI使用门槛,有望加速药物研发进程。水木分子还依托阿里云技术,保障数据安全并降低运维成本。未来,双方将在模型训练、推理加速等方面展开深入合作。

怜星夜思:

1、BioMedGPT-Mol模型的开源,对于小型药物研发企业或研究机构来说,意味着什么?他们可以如何利用这个模型来加速自身的研究?
2、文章提到BioMedGPT-Mol是基于千问大模型打造的,那么千问大模型在药物研发领域还有哪些潜在的应用场景?
3、水木分子使用阿里云ACK容器及算力虚拟化技术保障数据安全,这对于药物研发企业来说为什么至关重要?其他类似的企业可以借鉴哪些经验?

原文内容

图片
来源:同写意
本文约1000字,建议阅读5分钟
AI的出现,能助力分析海量生物医学文献,筛选需测试的数百万种化合物,设计临床试验方案、以助力加速药研的每个环节。


近日,清华大学智能产业研究院(AIR)联合AI药物研发企业水木分子打造的生物领域化学分子通用任务大模型BioMedGPT-Mol正式开源。


该模型以千问为基座模型打造,在分子描述、性质预测等6大类任务的综合指标上均达到SOTA效果。部署模型后,用户通过与模型进行自然语言对话即可完成多项化学分子理解和生成任务,为药物研发增速提效。




传统药物研发基于研究人员的手工提取、合成和筛选,药物发现依赖大量试错,这导致一款药物的研发通常需要花费10-15年,耗资超百亿资金。AI的出现,能助力分析海量生物医学文献,筛选需测试的数百万种化合物,设计临床试验方案、以助力加速药研的每个环节。


不过,此前药物研发企业使用AI需依赖复杂的编码能力。BioMedGPT-Mol基于Qwen3-8B通过微调和强化学习完成训练。部署模型后,用户可通过与模型进行自然语言对话,完成分子描述、性质预测、化学反应预测、分子编辑等分子理解和生成任务,大幅降低了合成化学家与临床研究员使用AI的门槛。


目前BioMedGPT-Mol在多类任务的综合指标上均达到SOTA效果。同时当切换至推理模式时,模型在分子编辑任务上实现了进一步的性能提升。在此基础上,水木分子首次探索了仅使用大模型进行端到端有机分子逆合成分析,在RetroBench榜单上实现了SOTA效果。



作为一家服务制药的初创企业,水木分子对成本、数据安全有极高的需求。


因此,水木分子依托阿里云ACK容器及算力虚拟化技术,水木分子为模型推理、混合模型部署等建立了独立的运行环境,保障了不同业务的数据安全,同时降低了推理成本。


同时,通过使用阿里云云效产品,水木分子实现全部运维流程云化和对CICD流程的统一管理,减少了运维成本。


未来,水木分子和阿里云将在专业模型训练、模型推理加速、向量搜索等方面持续合作。


模型开源地址:https://github.com/PharMolix/OpenBioMed

相关论文地址:https://arxiv.org/abs/2512.04629


编辑:文婧



关于我们

数据派THU作为数据科学类公众号,背靠清华大学大数据研究中心,分享前沿数据科学与大数据技术创新研究动态、持续传播数据科学知识,努力建设数据人才聚集平台、打造中国大数据最强集团军。




新浪微博:@数据派THU

微信视频号:数据派THU

今日头条:数据派THU


AI在药物研发中扮演的角色会越来越重要,但要完全取代传统实验,我觉得还早得很。药物研发是一个高度复杂的过程,涉及到细胞、动物、人体等多个层面,AI模型目前还无法完全模拟这些复杂的生物过程。而且,很多药物的作用机制尚未完全明确,AI在缺乏足够数据支持的情况下,很难做出准确的预测。未来的发展趋势应该是AI与实验研究深度融合,互相补充,共同推动药物研发的进步。

这简直就是个及时雨!小型药企和研究机构可以省下一大笔钱,直接用这个模型来做药物筛选和优化。想象一下,以前要花几个月甚至几年才能找到的候选药物,现在可能几天就能搞定!要充分利用它,我觉得最重要的是用自己的数据去“喂”它,让它更懂你的研究方向。还有,别忘了多跟社区里的大佬们交流,说不定能碰撞出新的火花!

机遇:小型公司/机构可以更容易地利用先进的AI模型进行药物研发,加速研究进程,降低研发成本。挑战:可能面临算力、数据质量和专业人才方面的限制,需要找到合适的合作伙伴或解决方案。

从技术经济学的角度来看,云计算降低了药物研发的固定成本和边际成本。通过云服务,企业可以按需获取资源,避免了大量的硬件投入和维护费用,从而将更多资源投入到创新研发中。

从模型训练和部署的角度来看,通用大模型无疑更具扩展性和灵活性。然而,针对特定任务的模型在精度和推理速度上可能更具优势。关键在于如何平衡二者,构建一个既通用又高效的药物研发AI平台。

对于小型药企和研究机构来说,BioMedGPT-Mol的开源无疑是雪中送炭。开源降低了AI技术门槛,他们可以直接利用预训练好的模型,省去了大量前期数据收集、模型训练的成本和时间。比如,可以利用模型更快地筛选潜在的药物分子,预测药物性质,或者优化现有药物结构。

想想看,如果你的新药配方被竞争对手知道了,那你的所有努力都白费了。药物研发企业的数据安全不仅仅是保护隐私,更是保护自己的生存空间。水木分子的经验告诉我们,要充分利用云计算平台的安全能力,例如数据加密、访问控制等等。同时,还要加强员工的安全意识培训,防止内部泄露。总之,数据安全是一项系统工程,需要全方位的考虑。

除了文中提到的分子生成和性质预测,千问这种通用大模型还可以应用于药物临床试验设计、患者招募、甚至个性化治疗方案的制定。通过分析海量的临床数据和文献,千问可以帮助医生更精准地诊断疾病,并为患者提供更有效的治疗方案。

这太重要了!药物研发的数据都是宝贝,是企业的核心竞争力。数据泄露不仅会损害企业形象,还会让竞争对手捷足先登。水木分子的做法很聪明,利用阿里云的技术,相当于给数据上了多重保险。其他企业也应该学习,把数据安全放在第一位,建立完善的安全防护体系。毕竟,数据安全是企业生存的基石。

我觉得千问最厉害的地方在于它能处理大量非结构化数据,比如医学论文、专利等等。它可以从中提取关键信息,帮助研究人员快速了解最新的研究进展。这在寻找新的药物靶点,或者理解疾病机制方面,非常有帮助。说白了,它就是一个强大的文献阅读器和知识整合器。

开源意味着资源共享!小药企和研究机构可以站在巨人的肩膀上,快速运用最新的AI技术。他们可以利用BioMedGPT-Mol进行分子性质预测、虚拟筛选,甚至辅助设计新的药物分子。更重要的是,开源也促进了知识的传播和技术的迭代!没准还能基于此搞出更厉害的模型。

这绝对是个好消息!想想看,以前需要花费大量时间和金钱去建立自己的AI模型,现在直接可以用开源的,这相当于免费获得了强大的研发工具。他们可以利用它来寻找新的药物靶点,加速药物筛选过程。只要有想法,就能在这基础上进行创新,大大提高了研发效率。

千问的潜力可大了!它不仅能做分子结构预测,还能参与到临床试验数据的挖掘中,帮助我们找到更有效的治疗方案。甚至可以预测药物的副作用,让药物研发更安全。想象一下,未来医生可以根据每个患者的基因信息,用千问定制个性化的治疗方案,简直是医学界的未来战士!

药物研发的数据涉及到大量的患者隐私信息、化合物结构信息、以及商业机密。一旦泄露,后果不堪设想。阿里云的这些技术可以构建安全的运行环境,防止数据被非法访问或篡改。其他企业可以借鉴这种思路,建立完善的数据安全管理体系,包括数据加密、访问控制、安全审计等,确保数据安全和合规。